中国漕运博物馆坐落于江苏省淮安市淮安区漕运总督署遗址附近。作为“运河之都”的淮安，为展示漕运文化而筹建中国漕运博物馆。淮安漕运总督署遗址是2002年中国重大考古发现之一，漕运博物馆建与漕运总督署遗址相整合，向世人完整地展现漕运古迹和历史。
漕运博物馆于2008年开工建设，总建筑面积6300平方米，分地面主体两层。地面建筑采取我国明清时期建筑风格，总体为“品”字形布局，东侧建筑为临时展厅，西侧为多功能报告厅，中间是门厅及服务空间。地下局部一层，面积5000多平方米，有三个展厅和办公配套用房及文物库房。在这里，集中陈列了古代漕运（运河水上运输）工具及附属遗留物品，漕运总督府内工作与生活用品，曾经担任漕运总督及其他漕运官员（如唐代副宰相刘宴、宋代范仲淹、明代的李三才、史可法，清代的施世伦、琦善、段祺瑞等）的信函、书札，墨迹及生活用品，以及历代有关漕粮流通的记录、证券、量具、代用品。
高新科技让历史舞起来
馆内将现代化的高科技演示与文物史料巧妙结合，全面展示了中国漕运的恢弘历史和灿烂文化，每天游人如织，参观者叹为观止，流连忘返。序厅，180度巨幅投影卷轴与艺术沙盘模型的创意式组合，呈现出一场多感官的视觉盛宴，以具象而有震撼力的方式，还原漕运文化灿烂辉煌的历史原貌。
船型超级互动桌更充分体现了游客与历史的互动。它依照船的造型，分别排布10大块漕运民俗方面的内容，包括漕神、海神、天后庙、开漕节、高碑店庙会、漕运与西游记、运河龙舟、生辰纲运输、十番锣鼓和漕运诗词民谣。游客选择触发点，桌上相应的内容随即发生变化，并且所有画面的变化会由桌面任意触发位置贯穿至整个桌面。
走近淮安厅前，静态的玻璃影像门画面随即发生变化，一名从徐州南下的信使，快马加鞭前往淮安，有加急密函上报漕运总督。伴随着画外音“圣旨到，速开城门”。
实景还原令人亦真亦幻
在历史厅，有组清江造船厂彩绘雕塑。工人们正在制作一艘漕船，只见他们按照各自的分工进行铁钉连接、锔加固、拼接榫构、麻絮桐油砺灰捻缝、船底涂漆，俨然就是一部真人演示版的漕船施工工艺图。
在文化厅里一艘根据明清相关文献记载按比例缩小复原制作的漕舫。船头是一个巨大的“狮子”头，波浪形的毛发像涌动的运河水；船尾则是寓意平安的良渚文化的图腾神徽。这艘漕舫为明末清初督运漕粮的一种官船，名为“太平舟”，也叫“飞虎舟”。
淮安厅的河下古街，有种亦真亦幻的错觉。张记铜铺内炉火熊熊、淮丰米行里五谷满仓、淮宾楼美酒飘香、清溪馆的宴席上摆着软兜长鱼、开洋蒲菜、平桥豆腐、钦工肉圆等淮扬名菜，两位士子觥筹交错、谈诗论文……
上万馆藏细说漕运历史
作为古代衡器使用的石权、铁权、方升、方斗，交纳公粮后官府发给的文字凭据——完纳漕粮执照，清漕运总督杨锡绂上奏乾隆皇帝的奏折，由漕运官员绘制的《清山东运河备览》，记载卫漕部队规章制度的清漕标中营炮队条规残碑，漕帮的帮规《道德真经》……这些都是漕运的文化信息载体，是漕运文化变化发展的物证。
在淮安厅的一个橱窗内静静地安放着从河下古镇龙泉窑瓷片堆积遗址发掘的上万张瓷片。瓷片旁是经考古人员修复的碗、盘、盏、炉和高足杯等，计有30多种。2008年9月17日，由南京博物院和淮安博物馆联合组成的考古队，在淮安市淮安区河下古镇发现了一处大型元、明龙泉窑碎片遗址，出土了11万片21.8吨龙泉窑青瓷片，其中不乏龙泉窑中的精品瓷片，为官窑御制进献皇家使用。龙泉窑产于浙江龙泉县,如此大量的龙泉窑瓷器集中到淮安与它的漕运枢纽地位密不可分。
漕运遗韵展区以展陈淮安（今淮安区）出土的精品文物为主，包含古代书画、陶瓷类、金银玉石类等。书画藏品以王镇墓出土的字画为代表，其中包含传世极少的夏昶、谢环、马轼、夏芷等名家的遗作。瓷器有六朝酱釉印钱纹双耳罐、明青花花卉纹蒜头瓶、清乾隆款斗彩八宝纹碗等，其中元青花缠枝牡丹纹双兽耳盖罐是元代青花瓷中不可多得的珍品，具有极高的文物价值和艺术价值，其中27件国家一级文物。
文物厅
设计理念是“用现代手段演绎古代文明，用艺术语言在线真实”。集中展示淮安区从新石器时代青莲岗文化到历朝历代精品文物。全面展示了淮安古城的历史文化成就，丰富的文化遗存和厚实的文化积淀。
愿景厅
淮安在运河历史文化遗产保护继承与发扬中发挥的积极作用，淮安曾经是运河漕运时代的璀璨明珠，更将是运河人文的先行者和力行者，推动了两淮与运河地带和旅游产业的发展。
淮安厅
淮安漕运文化，见证淮安千年历史、大度恢弘淮安在漕运史上举足轻重，展现“漕都”淮安的政治地位、地理位置及经济繁荣。漕运兴盛促进淮安经济、文化的繁荣。自古以来，淮安便是运河枢纽。
运河厅
漕运成就运河，运河载动漕运，漕运和运河是分不开的。淮安自古就和杭州、扬州、苏州并称为运河上的四大都市。展厅展示了一系列漕运文化，包括漕运与经济、漕运与人物、漕运与民俗及漕运与城市四个篇章。
历史厅
历朝历代兴盛时期，也是漕运兴旺之时，运河开凿沟通了长江、淮河、黄河、海河、钱塘江五大水系，带动了两岸城市的发展。千年发展而建设起来的大运河及其漕运，是古代劳动人民创造的一项伟大工程。
序厅
180 度巨幅投影卷轴与艺术沙盘模型，将漕运概念高度浓缩，呈现出一场多感官的视觉盛宴，以具象而有震撼力的方式，还原漕运文化灿烂辉煌的历史原貌。